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一、宗教
（一）佛道与回教
佛教至唐末五代，诸宗衰微，惟禅宗以不重形式，而能避过唐武宗、后周世宗的两次浩劫，独步于晚唐五代。至宋，佛教在历朝帝王的保护下，禅宗及其他诸宗均大师辈出，颇有复兴之象。但在徽宗时，因其本人笃信道教，佛教遂再遭排斥。南宋时，佛教益微，禅宗与诸宗合流，独立的佛教宗派已不多见。及至元世祖攻吐蕃（即西藏），偕喇嘛八思巴而归，喇嘛教遂传至蒙古。世祖即位后，定喇嘛教为国教，尊八思巴为帝师，命其统监全国佛教，喇嘛教乃日趋兴盛。世祖以后，喇嘛教始终为元室诸帝所崇奉，于各种宗教中，一直占有首要的地位。原有的佛教，除禅宗尚能维持昔日的局面，其他宗派都一蹶不振。
明太祖幼年曾出家为僧，即位后提倡佛教，对喇嘛教也加以崇奉，封喇嘛为国师，其后历朝皆崇喇嘛。成祖起兵时，曾得禅僧道衍的辅佐，因此禅宗仍能维持其盛况，与喇嘛教并立，直到明末。武宗也好佛，曾学习经典梵语，自称大庆法王。除喇嘛教及禅宗外，惟净土宗尚能流行于世，其他旧有佛教的各宗派，都未能恢复旧观。
明初，喇嘛教发生巨大的变革。喇嘛教僧人，本着红衣红帽，以娶妻传子为惯例，且多玩弄幻术，沉溺酒色。至明初，有僧徒宗喀巴（1357～1419）者，主张实行严格的戒律，禁止饮酒娶妻，于教义和仪式，也多有改善。教徒均着黄衣黄帽，俗称黄教，以示与红教有别。其后黄教于西藏的甘丹建庙，以为据点，逐渐传播，渐及于西藏全境，因此黄教又称丹府派。宗喀巴死后，传衣钵与其二大弟子，根敦珠巴（本吐蕃赞普）和凯朱巴。
明宪宗成化十年（1474），根敦珠巴圆寂。据说他的灵魂又转附于某一婴孩体中，教徒便以这个婴孩作他的后嗣，名根敦嘉穆错。这种转世办法，此后遂定为永制。第三世名锁南嘉错，为明世宗至神宗初年的人，这时黄教声望益著，蒙古俺答亲赴西藏，把他迎至青海，建寺以奉养之。俺答并赠以“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号，其意为“遍知一切德智如海之金刚上师”。从此黄教教宗始有“达赖”之名（达赖为蒙古“大海”之意），红教诸领袖，皆对达赖称弟子，改从黄教，化行诸部。第四世名云丹嘉穆错，黄教益盛，蒙古、西藏、青海等地居民，莫不奉之。达赖喇嘛为黄教教宗，驻锡于拉萨，与班禅同为西藏宗教及政治的领袖。班禅也就是宗喀巴的另一弟子凯珠巴的转世者，他在喇嘛教中，与达赖同具最高权威，政治势力则不及。从政治上看，他只是西藏的副王，名义上虽统治后藏，实际仍从属于达赖，但教民对他尊崇的程度，并不低于达赖。［参看余元厂《西藏喇嘛教史》（载《现代佛教文选》）］
清自圣祖至高宗，均着意于儒学的复兴，对佛教并不关心。佛教诸宗，禅宗虽仍盛行，但其精神日趋世俗化，宗风亦随之衰落。此外如净土宗、律宗，也仅能保持典型。乾隆时，曾禁各地建立新寺院，民间出家为僧的也受限制。士大夫虽喜谈佛学，但只是究心佛理，并无兴隆佛教的意图。至于喇嘛教，内地人甚少信奉，清室以其流布于内、外蒙古及青海、西藏，为柔远起见，加以保护尊崇，以理藩院兼理其教，并于北京建雍和宫，奉养喇嘛。雍正时，清室又为内、外蒙古各立活佛，以为其区内喇嘛教的领袖，合达赖、班禅，共为四系。清代喇嘛教，表面上虽受帝王的优遇，实则其势已不如昔日的旺盛，渐走上衰落之途。
道教在宋代甚为盛行，尤以徽宗崇信最笃。南宋时，道教稍衰。元室虽奉事喇嘛，但对道教仍甚优遇。明室对道教益加尊重，洪武初，正一教领袖张正常入朝，太祖封之为真人，官正二品，世袭罔替。从此龙虎山张氏，成为道教正统。其后宪宗、世宗均笃信道教，世宗更躬亲斋醮，不理朝政。他曾封道士陶仲文为真人，授礼部尚书，封恭诚伯，可想见当时道教之盛。清室虽然也奉道教，但不如前代之甚，始则降正一真人为五品，其后又不许朝觐，仅由礼部带领引见。乾隆时，更禁正一真人传度俗人为道，道教遂日见衰落，但民间的奉道者，仍比比皆是。［参看傅勤家《中国道教史》，页二三一至二三二］
元代，因重用回人，西域回教徒大量来华，遍及中国各地。元末，天山南路各城的居民大都信奉回教，势力日益扩张，回教领袖逐渐取代察合台后裔的地位，握有南路政教之权。明代回教分白山、黑山两宗（俗称白帽回、黑帽回），各承师说，相互攻击。明室对天山南北路虽不能直接控制，但蒙回诸部，遣使入贡者甚多。清初，回部为蒙古准噶尔部所并，至乾隆时，准、回两部均为清室平定。清室对回教取放任态度，许其自由信仰；诉讼的判断，以教规为根据，不用国家法律，以此笼络回人。至于内地如甘肃、陕西、四川、山西、河北、福建、广东、云南等省，均有回教信徒居住。清末，陕、甘、云南的回教徒，均曾叛乱，可想见其势力之大。
（二）基督教
自蒙古大帝国瓦解后，元代输入的基督教（也里可温教）也趋于衰落。明朝中叶（16世纪初），欧洲基督教发生革命运动，新旧两派至以兵戎相见，结果旧教为新教所挫。旧教中若干有志之士，组织耶稣会（Jesuit），内谋改革旧教本身的缺失，外谋发展其传教事业。适值非洲好望角的新航路发现，葡萄牙人在东方积极扩展殖民事业，耶稣会教士也陆续东来。明孝宗弘治十三年（1500），耶稣会教士随葡人至印度布道，传播渐盛。嘉靖三十一年（1552），耶稣会东方布教总长方济各（Saint Francois de Xavier，西班牙人）欲来中国传教，因道死未能如愿。其后，又遣教士利玛窦（Matteo Ricci，意大利人）等来华。
明神宗万历十一年（1583），利玛窦至广东肇庆（今广东高要市），学习中国语文，以便传教，其后北上至南京，游说于搢绅之间。他于传布教义之外，并介绍西方的天文、地理、算学、兵器等学科于国人，更设立病院，为人治病，因而渐得国人的信仰。二十九年（1601），他与教士庞迪我（Didacus de Pantoja，西班牙人）同至北京，上书神宗，献天主经典，基督、圣母图像以及自鸣钟、万国图志等物。神宗准其在京师建堂传教，不数年，信徒至二百余，国人统称其教为天主教。廷臣如徐光启、李之藻等，均服膺天主教旨，从之习天算历法。当时中国士大夫学习西洋科学的兴趣甚浓，利玛窦乃利用此种心理，以传授学术达成其布道的目的。其教义与中国传统文化相互冲突之处，也加以调和折衷，因此甚得朝野人士的赞许，信徒日增。
万历末，利玛窦死，其后继者拘执教义，不知变通，致与中国若干传统习俗相冲突（如禁止教徒祭祖等），因此引起国人的不满，反对者渐多。明室遂于万历四十四年（1616）下令禁止传教，教士均逐回澳门。既而满人崛起，边患日亟，明廷需要改良兵器，乃于熹宗天启二年（1622），命澳门教士罗如望（Joannes de Rocha，葡人）、阳玛诺（Emmanuel jeune Diaz，葡人）等制造铳炮。次年，又召用教士艾儒略（Giulio Aleni，意人）等，教禁遂解。此后外人来华者益众，传教事业更为发达。思宗崇祯初，徐光启受命监修历法，并征教士汤若望（Johann Adam Schall Von Bell，德意志人）等译书演算。崇祯十四年（1641），新历告成。十六年（1643）颁布，是为《大统历》。既而明室覆亡，竟未及施行。
清军入关后，汤若望上书自陈，清室以之任钦天监监正，制定新历。若干反对西法的钦天监旧人对之甚为痛恨。康熙四年（1665），钦天监旧人杨光先首先攻击新历，于是汤若望及其属员均罢黜治罪。清室以杨光先继任钦天监监正，仍用旧法，其后光先推闰失实，清室改任南怀仁（Ferdinand Verbiest，比利时人）为钦天监监正。圣祖深知西洋科学的精妙，乃引用教士徐日升（Thomaz Pereyra，西班牙人）、白晋（Joachin Bouvet，法兰西人）等，轮流进讲，并以他们担任通译及若干外交事务。又命白晋、德玛诺（Romain Hinderer，法人）等分赴各省，测绘全国地图，历时十年而成，圣祖命名为《皇舆全览图》，它是中国第一部用经纬度测绘的地图。
耶稣会士的来华布道，对中国固有的风俗习惯，每抱容忍态度。教徒有崇拜祖先或孔子的，虽与其教义相冲突，也大都予以默认。但明末清初，旧教的其他若干宗派也相率东来，对耶稣会的传教方式，甚不谓然，因此屡向罗马教皇陈诉，以耶稣会之容许教徒祭祖为违背教义。教皇乃于康熙四十三年（1704）遣使携密旨来华禁革，使者与圣祖讨论传教事宜，意见不合。四十六年（1707），使者公布教皇密令，令教士不服从者，尽行远离；对圣祖的神学意见，亦有指斥。圣祖大怒，囚使者于澳门，并下令凡传教士无中国政府的许可证者，一律不准在中国传教。
世宗继位后，对来华教士取缔益力。规定除任职京师钦天监或其他要职者外，其余教士悉送澳门安置。世宗以后，教禁时宽时严，并未能彻底禁绝。至嘉庆十三年（1808），新教教士英人马礼逊（Robert Morison）始至广东布教。鸦片战争后，欧美各地的基督教会纷纷派遣教士来华传教。英法联军之役后，清廷正式撤销禁令，于是新旧教派传播益盛。若干教会更于传教之外，设立医院和学校，对中国文化和社会的演进，产生巨大的影响。
二、儒学与史地
（一）理学
元代理学，仍承宋人余绪，当时的大儒金履祥、许衡、吴澄等，其学都不出朱陆范围，尤以程朱一派的学说最为流行。明初大儒方孝孺、薛瑄、吴与弼等，亦皆谨守程朱之学。孝孺，浙江宁海人，他的学问传自宋濂，以“明王道，致太平”为己任。濂，金华（今浙江金华市）人，故号金华学派。孝孺曾仕于惠帝朝，其信道的笃诚，操守的严正，都与朱子相似。靖难之变，孝孺殉节，金华学统也因而中绝。瑄，山西河津人，是成祖到英宗一段时间的人。他为学着重言行的检点，于义理则少所发挥，号河东学派。与弼，抚州崇仁（今江西崇仁县）人，为学以安贫乐道为主，并着重身体力行，一切玄远之言，绝口不谈，门人甚盛，号崇仁学派。三人虽为当时大儒，但均不能摆脱程朱而有所创辟，直到英宗时的陈献章出，理学中的反朱学派才告出现。
王守仁，佚名绘。
陈献章，广东新会人，初从吴与弼游，博读群书。其后舍繁求约，认为学问劳扰，无由见道，因而不事著述，但教人端坐澄心，于静中养出端倪。其学与陆九渊相近，学者称白沙先生。其弟子增城（今广东增城市）湛若水，学者称甘泉先生，讲学则以“随处体验天理”为宗旨，并不尽守其师说。他以为所谓“心”，不应只指方寸而言，而应“体万物而不遗”。若水与王守仁同为当时大师，但其学的流传，不及王学的广远。
王守仁，字伯安，浙江余姚人。少习词章，继而致力于格物，其后更出入佛老，但均无所发明。武宗时，因忤权宦刘瑾，谪龙场驿（在今贵州修文县）丞，忽悟格物致知之道，认为当自求诸心，不当求诸事物，遂立“致良知”及“知行合一”之说。其说与朱学立异，而独尊陆九渊，以为陆学简易直捷，可以上接孟子的学统。所谓良知，是人类先天知善知恶的是非之心，也就是天理。只要发挥良知，使知与行合而为一，便自然合于天理，不用外求；良知发挥到极致，则人人可以为圣人。圣人的条件，不在事功，而在心性，因此不一定先要立大事业，而后才能做圣人。其直指人心，颇与禅学相近。守仁曾筑室习静于其故乡的阳明洞，因此学者称他为阳明先生。其学自成系统，号姚江学派。
阳明之学传播极广，其弟子遍及全国，而以钱德洪、王畿、王艮、邹守益、罗洪先等为最著名，终明之世，几成王学世界。宋元以来盛极一时的朱学，至是而衰，其所讲求的格致工夫，也渐不为学者所重。但王学虽能充分发挥个性，其弊则易使人流于放浪自恣。因此王派学人，不守礼法者甚多，如何心隐、李贽等，言行均过于荒谬，为世骇怪；而束书不观，专谈心性，思想也难免流于空疏贫乏。明末，顾宪成、高攀龙讲学于东林书院，其学综合朱王，而以风义节操相砥砺；此外刘宗周虽绍述阳明，但为学主诚敬，立身重操守。他们都在有意矫正王学的流弊。
明末的阳明学派，流于空疏狂肆，而为学者所厌弃。清初大儒，北有李颙、孙奇逢、颜元等，南有王夫之、黄宗羲、顾炎武等，他们对王学大都不满，或作有限度的修正，或作猛烈的抨击。李孙之学，与陆王相近，但兼采程朱，以为调和。颜元根本否认读书说理为学问，而以实用实践为宗。他反对宋儒主静之说，以为“养身莫善于喜动”，教人“振起精神，寻事去做”；并以为学问必须以施诸政治、有益人生为主。其弟子李塨，恢张师说，但也有补偏救弊之处，世称他二人的学说为“颜李之学”。王夫之则力辟致良知之说，而推崇朱子。黄宗羲虽宗阳明，但主张多读书以穷理之变化，并以实践为归。顾炎武不谈心性，但以博学有耻为人生鹄的。他的治学范围，以典章制度、社会经济为主，方法则注重归纳考证。诸家以顾氏对后世的影响最大，清代的朴学，实以他为前驱。
王学至清初，既为学者所诟病，程朱一派的理学因而代兴。清廷也加意提倡朱学，不但以“朱注四书”为取士的标准，并于康熙朝刊刻《朱子全书》、《性理精义》诸书。当时著名的理学家，有李光地、陆陇其、张伯行等。其后朴学兴起，理学日衰。朴学着重经史的训诂考据，又称汉学；理学着重儒家的义理，又称宋学。理学虽不及朴学为盛，但仍代有学人，清季曾国藩、罗泽南，均为理学大儒，亦是中兴名臣。但清代的理学，只重谨言慎行，既不能博综群学，更谈不到思想上的树立。
（二）经学
元代科举，以“朱注四书”及宋人经注为经义考试的标准。但元室对于经学并未加意提倡，因此亦无成绩可言。至明成祖，命胡广等编撰《五经大全》、《四书大全》及《性理大全》，解缙等纂辑《永乐大典》，想借此类工作，冲淡文士们对他篡位的反感。三大全蹈袭程朱经说，实无创见，但因用以取士，对当时的学术思想具有甚大的影响，治经者大多不能跳出宋人的范围。《永乐大典》凡二万二千八百七十七卷，是一部庞大的类书。其书以韵为目，而以古书字句分别排列于下，甚无条理；但其中所收的古书甚多，若干佚书，得以复见于世。当时南北两京，仅有写本三部，始终未能镌印，至今几已完全散失。
明人治经，虽然承袭宋人的余叙，但也有少数著作，抒发己见，不为前人所囿。如梅鷟（武宗时人）的《尚书考异》，力攻《古文尚书》之伪。汉武帝时，孔安国献《古文尚书》，并作传加以诠释。会巫蛊之狱起，未能列于学官，其书不久佚失。成帝时，张霸伪作《古文尚书》百二篇以进，未为汉廷所采。东晋初，梅赜自谓得孔安国所传《尚书》五十八篇，进于朝廷，而得立于学官。至唐，孔颖达为之作疏，其书大行。南宋时，朱熹已对之怀疑，至是梅鷟更力辩其伪。此外如陈第（神宗时人）的《毛诗古音考》、《屈宋古音义》等书，于先秦古音，多所发明。但大多数的学人，都迷恋科举，埋首于制义的讲求。因此整个说来，明人治经，并无卓越的成就。
清代学术研究的风气大变，着重于经史的考据训诂，号称“汉学”或“朴学”。这种学风，萌芽于清初，而极盛于乾隆、嘉庆时代。清初学者，以黄宗羲、顾炎武为大师，他们同是明末至清康熙前期的人。宗羲字太冲，号梨洲，学者称为南雷先生，浙江余姚人。他以史学见长，为浙东史派的开创者。经学方面，他对《尚书》和《易经》也有深邃的研究，他的两部重要著作，《授书随笔》一卷和《易学象术论》六卷，实为后来阎若璩、胡渭等精研《尚书》和《易经》的先导。炎武字宁人，学者称为亭林先生，江南昆山（今江苏昆山市）人。其学方面甚广，治经则倡经学即理学之说，教人摆脱宋明理学的羁绊，直接研治六经；并提倡“经世致用”，于修己之外，尤重安人。他著有《日知录》三十二卷，是他生平的得意之作。书中前七卷皆论经义，其余则兼及政事、世风、礼制、科举、艺文、史法、兵事、外国事、天象、术数及地理等，他的学问心得，可在这部书中见其梗概。这部书的影响很大，它为后人开辟了分科研究的途径。此外他的治学方法，力主客观，诸如搜罗资料，作综合的研究，参验见闻，以求实证等，都为后来的汉学家所取法。与黄顾同时而年辈稍晚的经学家，又有阎若璩、胡渭等。阎著《古文尚书疏证》，于《古文尚书》矛盾错讹之处，尽行标举，古文之伪，始得大明于世。胡曾著《易图明辨》、《洪范正论》等，也以客观的考证方法，扫除若干附会变乱的谬说。黄顾诸人，虽下开学术界尊古宗汉的风气，却没有明揭汉学旗帜以自立门户的意思。
自康熙至乾隆，清室屡兴文字狱，士大夫为隐身远祸，遂群趋考证之学，至乾嘉，臻于极盛。乾嘉时代的学术研究，以经学为主，兼及文字及音韵之学。此外于古代史地、诸子、历算等典籍，也都重加注释校订，成就甚巨。当时的经学家，可分两派：一派为惠栋，字定宇，江苏苏州人。祖周惕、父士奇均为著名经学家，与栋号称“吴中三惠”。此派治经，笃守汉儒家法，专宗马融、服虔、郑玄等人的经说，门户森严。其后江声、余萧客、王鸣盛、江藩等，都承其学风。汉学之名，也由此派而起。另一派为戴震，宇东原，安徽休宁人。其治学虽宗汉儒，但并不墨守汉人学说，而重客观及实证，更从文字音韵上，开辟治经的新途径。他的弟子孔广森、段玉裁、王念孙等，都精通文字音韵之学。孔的《诗声类》，段的《说文解字注》，王的《广雅疏证》，均以考证详密、识断精辟见称。念孙子引之，著《经义述闻》，引用汉代训诂，于诸说中采其可通者，给后世研经者以莫大的便利。这派学风的影响极大，直至晚清，仍有学者继续兴起，如俞樾、孙诒让等，皆其著者。
道光之后，经学的研究方向又告转移。乾嘉时代的经学，本是远承东汉的古文诸家，着重文字的考据训诂，而不重思想的探求。由于其研究范围过狭，若干学者乃转入西汉的今文学派，着重寻求经书中的微言大义，而不斤斤于名物的考究。这派的开创者为庄存与、刘逢禄，龚自珍、魏源等继之，其学渐盛。他们有时也作考据工作，甚至指若干古籍（如《左传》）为伪作，说法虽新颖，但缺乏实证。清末，康有为作《孔子改制考》及《新学伪经考》等书，谓六经皆孔子所作，古文经为王莽、刘歆所伪造。其说虽甚离奇，但对近代辨伪疑古的学风，颇有倡导之功。
（三）史地
史学极盛于宋代，至元明，其学渐衰，但亦不能说毫无成绩。正史中的宋辽金三史，都成于元代。三史自元世祖时即开始修撰，其后又经历朝的经营，至顺帝，再命脱脱等重修，始成定本。三史中惟《金史》尚能叙事详明，具有条理。《宋史》则编次不善，伤于繁冗，错误不可胜数。《辽史》又病在简略，芜陋不堪。明初，命宋濂、王袆等修《元史》，以《元十三朝实录》为根据，其列传及诸志，也大都有元人的成书，以资采择。《元史》于洪武二年（1369）二月开局，八月成书。又因顺帝无实录，元末的事迹也甚缺少，乃于次年二月重开史局，加以补辑，至六月书成。由于成书过速，疏漏错误之处，自然无法避免。例如书中对蒙古人在西亚及欧洲事迹的记载，过于简略；列传的次序，也稍嫌紊乱。其他著名的史学著作，则有薛应旂的《宋元通鉴》，陈邦瞻的《宋史记事本末》及《元史纪事本末》，但体裁因袭前代，并无创例。此外明代文士，颇能留心于本朝史实加以纪录，这类著作，其中不乏有价值的史料。
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